Aan de buitenkant oogt de Thomaskerk als een ‘gewone’ kerk. Het is een onopvallende verschijning aan de rand van de Zuidas, opgetrokken uit doodgewone gele bakstenen. Je zou al met al niet verwachten dat de Thomaskerk een van de hoogtepunten is uit de Nederlandse kerkarchitectuur na 1945. Maar als je eenmaal binnen bent geweest en het gebouw op je hebt laten inwerken, snap je dat dit een verborgen kunstwerk is. Niet alleen het ontwerp, maar ook de brutalistische uitvoering is verrassend. Het doet je vergeten dat je in Amsterdam bent.
Sijmons toont hier het brutalisme, een architectonische stroming waarin gebruik wordt gemaakt van onafgewerkte, ruwe, materialen. Ook in De Thomas gaat het om onafgewerkt in het werk gestort beton. In het materiaaloppervlak is de afdruk van de houten bekistingsplaten zichtbaar. De Franse architect Le Corbusier ontdekte deze manier van bouwen en gaf er de naam beton brut aan.
In zijn ontwerp van de Thomaskerk heeft Sijmons recht willen doen aan de belangrijkste liturgische functies van de kerk: de Doop, het Woord en de Tafel. Zo staat het doopvont aan de voet van de kansel om te benadrukken dat de doop in het midden van de gemeente moet plaatsvinden. De verkondiging van het Woord vindt plaats in het hoge gedeelte van de kerk omdat het Woord ruimte nodig heeft. In de lage ruimte staat de Tafel voor de viering van het Avondmaal. De zandstenen vloer doet denken aan de woestijn waar Mozes doorheen trok met zijn volk en het dak golft als de zee. Het driehoekig daklicht verwijst naar de drieëenheid. Dergelijke symboliek die verwijst naar de Bijbel is in de Thomaskerk nog veel meer te vinden.
Uniek is dat het kerkgebouw naast een kerkzaal een eigen theater heeft. Zo komen in de Thomaskerk religie en cultuur samen. Het verbinden van deze twee was volgens Sijmons de functie van een kerkgebouw bij uitstek. Door de decennia heen heeft veel van wat er in de Thomaskerk plaatsvond te maken gehad met de verbinding van cultuur en religie. Beiden gaan in essentie over de kwetsbaarheid van de mens, maatschappijkritiek en schoonheid.
De Thomaskerk is in 1966 in gebruik genomen. Inmiddels is de kerk aangewezen als gemeentelijk monument.
In de ThomasTour kun je alle hoogtepunten uit het ontwerp, en de aanwezige kunst, terugvinden.